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《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)進(jìn)項(xiàng)稅抵扣等增值稅征管問(wèn)題的公告》（國(guó)家稅務(wù)總局公告2019年第31號(hào)）規(guī)定，國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)中的旅客，僅限于與本單位簽訂了勞動(dòng)合同的員工，以及本單位作為用工單位接受的勞務(wù)派遣員工發(fā)生的國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)。
實(shí)務(wù)中，如果員工和分公司簽訂了勞動(dòng)合同，工資在分公司發(fā)放，該員工發(fā)生的國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)可否在總公司抵扣增值稅？
一、分公司就地繳納增值稅
《中華人民共和國(guó)增值稅暫行條例》（國(guó)務(wù)院令第134號(hào)）規(guī)定，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)不在同一縣（市）的，應(yīng)當(dāng)分別向各自所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅；經(jīng)國(guó)家稅務(wù)總局或其授權(quán)的稅務(wù)機(jī)關(guān)批準(zhǔn)，可以由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)納稅。
和企業(yè)所得稅不同，分支機(jī)構(gòu)屬于增值稅獨(dú)立納稅主體，如果分公司就地繳納增值稅，則分支機(jī)構(gòu)只能就分支機(jī)構(gòu)的銷(xiāo)售額和可抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額計(jì)算分支機(jī)構(gòu)應(yīng)該繳納的增值稅，分支機(jī)構(gòu)如果當(dāng)期進(jìn)項(xiàng)稅額大于銷(xiāo)項(xiàng)稅額，該差額部分也不能抵減總公司當(dāng)期應(yīng)納增值稅額。
因此，在分公司就地繳納增值稅的情況下，分公司員工發(fā)生的國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)，不能在總公司抵扣增值稅。
二、分公司不就地繳納增值稅
（一）總分機(jī)構(gòu)不在同一縣市，但在同一地區(qū)
總分機(jī)構(gòu)不在同一縣市，但在同一省區(qū)內(nèi)，總分機(jī)構(gòu)的增值稅該如何繳納呢？
《財(cái)政部 國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于固定業(yè)戶總分支機(jī)構(gòu)增值稅匯總納稅有關(guān)政策的通知》（財(cái)稅[2012]9號(hào)）規(guī)定，固定業(yè)戶的總分支機(jī)構(gòu)不在同一縣（市），但在同一?。▍^(qū)、市）范圍內(nèi)的，經(jīng)?。▍^(qū)、市）財(cái)政廳（局）、國(guó)家稅務(wù)局審批同意，可以由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅。
如果在同一地區(qū)的總分機(jī)構(gòu)經(jīng)過(guò)審批后，由總機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅，分支機(jī)構(gòu)無(wú)需就地繳納增值稅?？偣旧陥?bào)的銷(xiāo)項(xiàng)稅額實(shí)際上就是總分機(jī)構(gòu)的合計(jì)對(duì)外銷(xiāo)售所對(duì)應(yīng)的銷(xiāo)項(xiàng)稅額，可抵扣的進(jìn)項(xiàng)稅額實(shí)際就是總分機(jī)構(gòu)共同發(fā)生的符合政策要求的合計(jì)對(duì)外采購(gòu)所對(duì)應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額。
因此，在總分機(jī)構(gòu)在同一地區(qū)，且總分機(jī)構(gòu)匯總向總機(jī)構(gòu)所在地申報(bào)繳納增值稅的情況下，分支機(jī)構(gòu)員工發(fā)生的國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)，可以在總機(jī)構(gòu)抵扣增值稅。
（二）總分機(jī)構(gòu)不在同一地區(qū)
總分機(jī)構(gòu)不在同一地區(qū)，一般情況下，增值稅由總分機(jī)構(gòu)分別就地繳納。但也并非絕對(duì)如此，以下情形就是例外。
1、總機(jī)構(gòu)負(fù)責(zé)開(kāi)戶、收款、開(kāi)票
按照《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于納稅人以資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)方式收取貨款增值稅納稅地點(diǎn)問(wèn)題的通知》的規(guī)定，納稅人以總機(jī)構(gòu)的名義在各地開(kāi)立賬戶，通過(guò)資金結(jié)算網(wǎng)絡(luò)在各地向購(gòu)貨方收取銷(xiāo)貨款，由總機(jī)構(gòu)直接向購(gòu)貨方開(kāi)具發(fā)票的行為，不具備《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)所屬機(jī)構(gòu)間移送貨物征收增值稅問(wèn)題的通知》（國(guó)稅發(fā)〔1998〕137號(hào)）規(guī)定的受貨機(jī)構(gòu)向購(gòu)貨方開(kāi)具發(fā)票、向購(gòu)貨方收取貨款兩種情形之一，其取得的應(yīng)稅收入應(yīng)當(dāng)在總機(jī)構(gòu)所在地繳納增值稅。
依據(jù)上述規(guī)定，總分機(jī)構(gòu)滿足上述情形，所有收入均應(yīng)在總機(jī)構(gòu)所在地繳納增值稅。與此對(duì)應(yīng)，分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的各項(xiàng)支出所對(duì)應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅也應(yīng)在總機(jī)構(gòu)抵扣。
因此，在這種情況下，分支機(jī)構(gòu)發(fā)生的與總機(jī)構(gòu)收入匹配的進(jìn)項(xiàng)稅額（包括分支機(jī)構(gòu)員工發(fā)生的國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)對(duì)應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額），就可以在總機(jī)構(gòu)進(jìn)行抵扣。
2、分支機(jī)構(gòu)屬于不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能，且不需在當(dāng)?shù)乩U納增值稅的產(chǎn)品售后服務(wù)中心、內(nèi)部研發(fā)中心、倉(cāng)儲(chǔ)中心等
這種情況在實(shí)務(wù)中也比較常見(jiàn)，公司為了節(jié)約成本，在不同地區(qū)設(shè)立不具有生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)職能的產(chǎn)品售后服務(wù)中心、內(nèi)部研發(fā)中心、倉(cāng)儲(chǔ)中心等，不需在當(dāng)?shù)乩U納增值稅。
在這種情況下，該類(lèi)分支機(jī)構(gòu)只是成本中心，沒(méi)有收入發(fā)生，無(wú)需再當(dāng)?shù)乩U納增值稅，其發(fā)生的與總機(jī)構(gòu)收入匹配的進(jìn)項(xiàng)稅額（包括分支機(jī)構(gòu)員工發(fā)生的國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)對(duì)應(yīng)的進(jìn)項(xiàng)稅額），也可以在總機(jī)構(gòu)進(jìn)行抵扣。
小提示：理論上可行的，實(shí)務(wù)中不一定行得通。各地稅務(wù)機(jī)關(guān)如何理解，只能自己去溝通了……
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